I Underwater Cities representerer spillerne de viktigste hjernene i verden. Hjerner nominert til å opprette det beste og mest levelige undersjøiske stedet som mulig, grunnet overpopulasjon på jordkloden. Spillet handler i hovedsak om å plassere ut kortene sine. Tre fargede kort plasseres langs brettets kant, i egne fargede oppmerkete ruter. Ideelt skal spillerne plassere kort i ruter med tilsvarende farge. Og da mottar de både handlinger de kan utføre og ekstra fordeler: handlingen som ruten representerer og fordelen beskrevet på kortet. Handlinger og fordeler kan la spillerne trekke inn råmaterialer for å bygge og oppgradere byens kupler, tunneler og produksjonsbygninger som gårder, avsaltningsmaskiner og laboratorier. Spillerne kan også flytte markørene sine oppover på initiativsfeltene (som er viktig for å vise spillernes rekkefølge i kommende turer), aktivere spillernes egne A-kort, og trekke inn nye kort. Alle 220 kortene er fordelt inn i fire typer, basert på måten og tiden de kan spilles ut på. Undersjøiske områder er designet for å være dobbeltsidige, slik at spillerne får mange muligheter til å tjene seierspoeng og vinne!